TCGA癌症临床数据资源全面介绍---癌症科学研究领域的全谱！

2006年，帕金森氏症真核生物三幅谱（The Cancer Genome Atlas, TCGA）计划案以多形病态胶质肉结节（GBM）、肺部粒状细胞腺癌（LUSC）和乳腺浆液病态囊腺腺癌（OV）开始年末3年的试点重大项目，2009年~2015年上半年告一段落。到重大项目月末，TCGA网络科学研究教育工作者已描绘了33种帕金森氏症类别10,000余由此可知症状的分子结构特质，并概念了很多分子结构甲型。TCGA包含的病因关键特质象征病态本土派化的的资讯抽取。为确保时是确使用这些具真核生物特质的都从病因的资讯，最近TCGA完成一批重大成果，发此表在CellPress为该公司的学报。

本文对4月底5日发此表Cell上的一文来进行载入。撰文阐述以OS（总求生期）、PFI（无实质性有规律）、DFI（不止有规律）和DSS（病症相关存活）为四个主要病因结果绕道的TCGA本土派帕金森氏症病因的资讯教育资源（TCGA-CDR）标准规范化的资讯库，并留意到了每种帕金森氏症类别的绕道使用促请。TCGA病因的资讯可从真核生物的资讯共享空间内（GDC）门户网站App，所有的分子结构的资讯在App。病因的资讯和分子结构的资讯使用同样的条码结构，便于症状的病因的资讯和样品分子结构的资讯定位。

TCGA本土派腺癌的资讯库表头特质

三幅1A为病因的资讯定位和归纳方法及4个主要病因绕道衍生和样品的流程三幅,对33份初始提出申请和97份紧接著的资讯文件，共33种帕金森氏症类别111,60由此可知帕金森氏症症状的的资讯来进行了管控。此表1为每个TCGA表头的基本特质。按原发样品根据分子结构特质选入每个表头，皮肤黑色素结节（SKCM）的原发和集中于圹两种类别都有，其它极少数的原发与集中于类别也有科学研究。

三幅1. 病因的资讯定位和归纳方法及4个主要病因绕道衍生和样品流程三幅

此表1. TCGA 本土派腺癌表头特质

病因结果绕道OS、PFI、DFI和DSS

总求生期（OS）很重要，优点是概念OS惨剧时模糊病态最低。但使用OS作绕道意味著削弱病因科学研究，因为非腺癌死因不一定能反映出生物学、洪水本土派滥病态或对用药缓解。使用OS或无需来得长的随访等待时间；很多病因试验之当年，一般而言使用相对于随访等待时间较宽的DFI或PFI。针对基本TCGA病因的资讯，要认清短时病因随访有规律在洪水本土派滥病态帕金森氏症类别结果的比如说病态，因为意味著几年内就通过观察到病因惨剧，在死亡当年已用到病情病情恶化或实质性。对洪水本土派滥病态较弱的帕金森氏症类别，症状在数十乃至几十年后病情恶化，随访之前意味著无法通过观察足以惨剧以支持者可信结果供判断。该归纳的目的是检查和TCGA本土派腺癌病因样品的相对于绝对优势和不足，督导今后的归纳和避免随访有规律等待时间不足等缺失。

归纳全部TCGA病因的资讯后，假设如下：在的资讯可赢得时，OS、PFI及DFI相对于直观，但多数但会只能有约DSS。三幅1B为33种相同帕金森氏症类别的OS K-M曲面。尽管求生归纳不是TCGA主要远距离，多数帕金森氏症类别求生曲面与过去样品相同求生绕道的脱离科学研究基本相同，GBM、OV（2008, 2011）和低级别胶质结节（LGG）（2015）的TCGA结果就是比较好由此可知证。PFI、DFI和DSS的K-M曲面见三幅1C–1E。

三幅1 B-E病因的资讯归纳

基于每种帕金森氏症类别4个绕道的通过观察等待时间计算平均随访等待时间及惨剧或检查和的之当年位等待时间（此表2）。所有的之当年位随访等待时间为22.1个月底，但相同类别帕金森氏症该等待时间区别极大；GBM和急病态髓系白血病（LAML）最短约12个月底，而肾嫌色细胞腺癌（KICH）最多约48个月底。

此表2 来得较之当年位随访等待时间及4个绕道的惨剧与通过观察之当年位等待时间

破例使用的病因结果绕道

病因结果绕道选择取决于科学研究远距离、惨剧使用量、表头大小和结果的资讯总质量。将这些方法和开发的其它方法作为对单个病症的资讯库的试验和补充检查和，留意到在每种病症类别之当年使用每个结果绕道的促请及或许（此表3）。每种帕金森氏症类别的求生绕道必无需据有约通过一个主要试验和补充检查和才被接受。33种腺癌之当年的13种使用全部4个绕道：膀胱尿路上皮腺癌（BLCA）、结膜粒状细胞腺癌（CESC）、结肠腺癌（COAD）、食管腺癌（ESCA）、头颈部粒状细胞腺癌（HNSC）、肾状细胞腺癌（KIRP）、肺部腺腺癌（LUAD）、LUSC、OV、胰腺腺癌（PAAD）、遗传病态（SARC）、肺部腺腺癌（STAD）和子宫内膜腺癌（UCEC）。反之亦然，未能一个绕道的有嗜铬细胞结节和副小脑结节（PCPG）。淋巴满布大B细胞淋巴结节（DLBC）、LAML和胸腺结节（THYM）只能一个绕道；剩余帕金森氏症类别2或3个绕道，但其之当年一些持保留意见。最可信的是PFI，可无保留地破例给除LAML（无的资讯）、DLBC和KICH（慎重使用）和PCPG（不破例）皆的4种。

此表3 绕道OS,PFI,DFI及DSS的样品与破例使用

可验证TCGA-CDR及案由此可知运常用

在乳腺腺癌科学研究之当年，雌激素ER阴病态症状病因求生期生存率比ER+症状更差。分别用OS、PFI、DFI和DSS相当这两类症状的求生期（三幅3A–3D；曲面月末于10年随访等待时间，但使用整个的资讯库来进行归纳）。单状况归纳看出，使用PFI（p= 0.005）和DFI（p = 0.001）作为病因绕道，TCGA之当年ER+乳腺腺癌症状比ER-症状有来得好的求生期，但使用OS时两类症状间不假定区别(p = 0.097) 。此皆，两类症状的DSS（p = 0.009）有显着区别，此表明DSS的潜在价值。以上发现证实了PFI和DFI是特定类别乳腺腺癌分子结构科学研究的适宜绕道。

三幅3 可验证和运常用实由此可知

此皆还可验证了洪水本土派滥病态GBM求生结果绕道。TCGA之当年GBM之当年位OS为12.6个月底，介于此当年原先闻报道的标准规范用药的12.1个月底和标准规范用药倡议替莫唑胺的14.6个月底二者之间。之当年位PFI是6.1个月底，介于此当年原先闻报道的标准规范用药5个月底和标准规范用药倡议替莫唑胺的6.9个月底二者之间。显然，TCGA的资讯库OS和PFI惨剧等待时间与文献保持一致。再次印证OS和PFI作为GBM分子结构科学研究的病因绕道效度。

用Cox比由此可知危险病态回归假定确定高期（III、IV期）相对于低期（I、II期）帕金森氏症症状的危险病态比（HR），可验证4个绕道的TCGA-CDR的资讯。由于DFI概念与其它结果的概念不保持一致，对破例使用OS、PFI和DSS的14种类别帕金森氏症相当logHR（此表3）。随后只能对满足Cox比由此可知危险病态假定的病症来进行统计的资讯（三幅3E–3G）。结果此表明，14种类别帕金森氏症之当年，除间皮结节（MESO）、PAAD和葡萄膜黑色素结节（UVM）皆，高期对比低期HR在3个破例绕道OS、PFI及DSS上值得注意极差。使用配对样品的Wilcoxon秩和样品，当使用PFI与DSS（p = 0.0008）或PFI与OS（p = 0.039）测量时，logHR有显着区别，看出病症实质性和求生绕道在HR上假定系统错误；OS与DSS二者之间未能显着区别（p = 0.106）。对2个logHR值的标准规范误来进行必是粗略确定Pearson正态分布， 由logHR有约的3种结果有极显着时是相关：PFI和OS正态分布0.96（95%均值[CI]：0.77–0.99），PFI和DSS为 0.95（95%均值：0.76–0.99），OS和DSS为0.90（95%均值：0.61–0.98）。这些相关病态潜在支持者病因早期用PFI，中后期用OS和DSS继续做绕道。

除了定位分子结构的资讯，还尝试归纳首次用药后无肺部病与非无肺部病否用到相同的原先惨剧。TCGA-CDR之当年29类帕金森氏症反馈常用解决问题该疑问，扩展到症状从病因到完成首治并达到不止状况据有约存活3个月底。以LUSC为由此可知，有289由此可知无肺部病和41由此可知长期非无肺部病，NTE率分别为21.8%和68.2%。用Cox比由此可知危险病态回归假定，发现在非无肺部病之当年NTE危险病态显着高于无肺部病（HR = 6.68，95% CI = 4.25–10.51，FDR变更q值＜0.05）。在另皆21种帕金森氏症类别之当年也有多种相同结果（此表4）。余下7种之当年未能通过观察到这些区别。我们也在样品否每个假定都满足比由此可知危险病态假定，其之当年有两个不符合，必无需科学研究等待时间依赖性及多数组假定来寻找或许。

此表4 非不止与无肺部病NTE转型对比

TCGA从在世界上数百个站点抽取病由此可知，为解决问题病因的资讯相同站点间的可比病态，无需考虑到的资讯完整病态、和症状特质等。对每种病症而言，我们对比了当年两名透过病由此可知数最多的该组织意味著站点（TSS）与所有其它TSS的同种病症及4个结果绕道（此表5）。

此表5 对来自当年两位TSS的每个帕金森氏症类别科学研究结果来进行相当

对于GBM等极富洪水本土派滥病态的，当年两位TSS（#1和#2）的发病症状群与其它TSS来得多种相同的有OS、PFI和DSS，因惨剧太少难以归纳不破例DFI继续做绕道。BRCA等较低洪水本土派滥病态，强力破例使用PFI和DFI，但促请慎重用OS或DSS样品。TSS #1的病因的资讯激发不错的OS和DSS，但未能通过观察到PFI区别；另皆，此表面上TSS#1有来得好的DFI结果，只能用到3由此可知 DFI惨剧。这种此表里不一的成因此表明该站点的结果的资讯无需来得进一步样品。另一方面，TSS #2的4个绕道结果与其它地方保持一致。

这个单纯的结果相当此表明，当从特定结果归纳整体TCGA的病因的资讯时，必无需考虑到TSS的明确反馈。由于成年、再行/分级及用药等状况不良影响相同TSS患病症状群的绕道结果，TSS可以作为这些和不完全病因注释等其它未能测量区别的替代。

潜在的夹杂状况、恶性竞争结果的

危险病态及假定假定

对病因求生绕道归纳来说，促请使用所管控的全部病因的资讯。但来得分子结构/真核生物的资讯的定位归纳，要留意两个方面。首先，破例意见基于终端求生假定，以分子结构甲型作预报因子划分样品集，有意味著破坏结果统计的资讯的时是确病态区别。因此，从互相关联的TCGA分子结构的资讯或甲型TCGA-CDR结果的资讯之当年得出结论的假设无需在脱离的的资讯库之当年来得进一步证实。

第二，我们促请只能使用原发的分子结构的资讯，因为症状初诊时，重要等待时间反馈等归一化的病因的资讯已抽取相对于完整。皮肤黑色素结节（SKCM）在TCGA类别之当年非常比如说，470由此可知之当年只能103由此可知原发，其余296由此可知为原发大面积黏膜集中于，68由此可知远端集中于。这与常常抽取到集中于结节的其它TCGA帕金森氏症类别形成鲜明对比。SKCM集中于结节常常带有归一化的原发，而其它TCGA帕金森氏症类别尽管常常有集中于结节，但都带有归一化的原发样品。因此，对于SKCM结果的相关病态，促请只使用有限使用量的原发病由此可知，尽管SCKM黏膜集中于的III期病由此可知可作为脱离总括来进行科学研究。

在使用原先定位的TCGA-CDR的资讯库时，还必无需留意：潜在混为一谈状况、恶性竞争结果的危险病态及假定假定。

夹杂状况

夹杂状况假定但被无关在假定之皆时，错误意味著高估或高估真实。如在乳腺腺癌的人种区别科学研究之当年，美国非裔与非裔症状二者之间假定重要的基因此表达区别，然而根据分子结构甲型来进行变更后，这种区别显着减低甚至消失。治果也是潜在的夹杂状况，当反馈可给予时应适当考虑到变更。用药意味著时，成年、救治诊所及病因明确情况等标准规范用药作为替代反馈能减低大部分最小值。对这方面的管理者建模，鼓励使用标志物生存率科学研究促请研究报告（REMARK）。

恶性竞争结果的危险病态

测定DSS、DFI和PFI绕道时，要对未能经历重要惨剧且不止的死亡症状来进行审查。在这种但会，如果假定症状未能其它死因，那她/他最终仍意味著死于帕金森氏症指征。然而，在有约用药等预报因子对继发病态帕金森氏症或心血管病症等非指数帕金森氏症死亡危险病态的预报潜能时，该假定并不是非。

假定假定

运常用Cox比由此可知危险病态（PH）假定必须检查和PH假定。仅有案由此可知皆，大多数假定都满足Cox PH假定，但无需来得进一步探求这些案件以找出违背假定的或许，从而对HR继续作出来得准确的有约。尽管仍然为清理的资讯和解决问题疑问付出了更大努力，但仍假定重要的使用约束，访问TCGA病因的资讯都必须了解这些约束。

首先，TCGA主要是为分子结构科学研究的设计，早先病由此可知选择来自多个机构带有适宜库存该组织的未能用药原发病由此可知，因此这些病由此可知不密切相关连续病态。此皆，对于每种相同类别/科学研究，随访的资讯未能统一抽取。同时，病因的资讯抽取的一些游戏规则在过去不得已随着等待时间的演进而发生变化。TCGA - CDR不包含帕金森氏症用药史，并非所有病由此可知都被注释。因此，归纳特定类别或甲型的用药剧中高于概况病态本土派腺癌归纳。当症状来进行明确用药时，受益能用DFI和PFI绕道有效率归纳。

其次，TCGA样品病因随访根据当地诊所的等待时间此表，意味著为病症或特定部位的病情恶化和病症状重要永生状况的记录，因此未能TCGA指定的病因随访计划案，只能留意到重大项目主要重申的分子结构特质。

最后，几乎所有TCGA赢得的样品和真核生物及分子结构的资讯来自原先诊症状原发的单个切片，由此激发的真核生物和分子结构的资讯无法在空间内或等待时间任何方面明确捕捉象征病态另一症状结果数组的异质病态。该疑问不是TCGA近似于的，任何动态原发病态科学研究都假定。

未能来会

这项工作是全世界第一次上半年系统地管控TCGA本土派腺癌病因的资讯。由此激发的TCGA-CDR的结果绕道与脱离非TCGA科学研究结果保持一致，详述该教育资源在空当年数目的病因微小上透过了生物观测原先视角。也要认清TCGA-CDR的内在使用局限病态及关键病态督导和破例意见。仍然非常明晰，人类病症未能来会大数目的分子结构科学研究必须系统地抽取病因病理、用药和转归惨剧的资讯，以坚持最高标准规范的病因科学研究。尽管有其局限病态，TCGA-CDR透过了标准规范化的资讯库，以及细致的4个病因结果绕道导出，并解决问题了总质量疑问，从而在本土派腺癌和个体水平上来进行产物科学研究。未能来会的资讯科学研究的融汇将大大提高结果二者之间的可比病态，来得好地理解和支持者重复。

参考的资讯

An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics